Wolfram Language Paclet Repository
Community-contributed installable additions to the Wolfram Language
YingyingJin`ProteinLigandInteractionAnalysis`
PoseMetrics  |
|
| | ||||
Examples
(1)
Basic Examples
(1)
In[1]:=
cylFile="/Users/yingyingjin/Dropbox/NewMoleculeProject/DynamicBind/cylindrinA.pdb";barrelParams=ComputeProteinParameters[cylFile];
Number of CA atoms used: 66
In[2]:=
poseFile="/Users/yingyingjin/Dropbox/NewMoleculeProject/DynamicBind/NAC6mer_ZINC11/rank_50.pdb";
In[3]:=
metrics=PoseMetrics[poseFile,barrelParams,4.0]
Out[3]=
In[4]:=
metrics["Contacts"]metrics["ContactsInside"]metrics["MinDistanceSideChain"]metrics["SideChainContacts"]//Dataset(*detailedtable*)
Out[4]=
39
Out[4]=
29
Out[4]=
3.09906
Out[4]=
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 |
|
""